В общей классификации музейных предметов основной фонд подразделяется на семь групп.
·Ветераны педагогического труда;
·Боевая и трудовая слава (ВОВ);
·Выпускники школы;
·Быт и уклад жизни народа Саха;
·Палеонтологические находки древних млекопитающих (мамонт, бизон, шерстистый носорог);
·Им гордится школа – Ефим Егорович Протопопов;
·История родного края.
Все эти материалы основного фонда – вещевые, письменные, изобразительные, фото- и кинодокументы – являются базовым материалом для раскрытия каждой экспозиции музея, служат необходимым первоисточником для раскрытия профиля музея – историко-краеведческого. К вспомогательному фонду относятся пояснительные материалы: презентации, составленные и оформленные самими учащимися в процессе учебных и внеклассных занятий. В музее хранятся сочинения учащихся школы разных лет и альбомы выпусков, а также альбомы пионерских отрядов.